Fundación y asentamiento definitivo de San Francisco de Quito

Debido al pronto arribo de Pedro de Alvarado a la región por Bahía de Caráquez y Puerto Viejo, por ello para evitar mayores contratiempos, el 15 de agosto de 1534, Diego de Almagro, urgido por el tiempo, fundó la ciudad de Santiago del Quito en las planicies de Riobamba. De esta manera, tomó posesión de las tierras para la jurisdicción de Francisco Pizarro. Esa actitud truncó las ambiciones de Alvarado, quien obligatoriamente tuvo que pactar con sus compatriotas. Días después, en el mismo sitio que Diego de Almagro fundó la ciudad de Santiago de Quito, el 28 de agosto de 1534, ocurrió lo que varios historiadores llaman la fundación a distancia de San Francisco de Quito. La ceremonia incluyó la formación del ayuntamiento o Cabildo colonial de la nueva Villa, con la juramentación legal de dos alcaldes y ocho regidores. Al escribano Gonzalo Díaz le correspondió dar fe del acto ejecutado. El documento decía lo siguiente:

Imperio Inca

Para los incas, esta región parece haber tenido una importancia desde el punto de vista sagrado. La geografía de la ciudad era diferente a la actual. Las investigaciones nos revelan que gran parte de la zona que hoy ocupa el Centro Histórico fue ocupada en tiempo del incario. Hacia el norte se encontraba la laguna de Iñaquito y hacia el sur la laguna de Turubamba. De la montaña sagrada descendían numerosas quebradas, muchas de las cuales alimentaban a la población con sus manantiales y chorreras. Dentro de la cosmovisión incaica, el jaguar jugaba un papel protagónico por ser considerado como el animal más fuerte y por ello asociado con el fuego y la fuerza. De ahí la razón por la cual la mayoría de ciudades incas tenían la forma del felino.

Las investigaciones revelan que gran parte de la zona en que hoy se halla asentado el Centro Histórico fue ocupada en tiempo del incario.^[1]​^[2]​ La forma de la ciudad se asemejaba a un jaguar, símbolo sagrado para aquel pueblo, razón por la cual la mayoría de ciudades incas tenían la forma del felino.^[3]​ Los límites de la ciudad incaica de sur a norte eran: la loma del Yavirak o Shungu Loma (hoy Panecillo), donde se encontraba el templo del sol, hasta la loma del Huanakauri (hoy el barrio de San Juan) donde estaba el templo de la luna. De este a oeste se extendía entre el Pichincha y la loma del Itchimbía. Debajo del actual convento franciscano se encontraba el palacio de Huayna Cápac y en la Plaza Grande, el palacio de Atahualpa. El Aclla Huasi o «templo de las escogidas», ubicado hoy en el actual Convento de Santa Catalina.^[4]​

La conquista inca de esta región fue iniciada por Túpac Inca Yupanqui, hijo de Pachacútec el fundador del imperio incaico, y fue Huayna Cápac, hijo del primero, el primer inca que estableció su residencia en tierras de Tomebamba, la actual ciudad de Cuenca.

La historia de Quito se remonta a los primeros habitantes que poblaron las regiones orientales del Distrito alrededor del año 10300 a. C., en el sector del Inca. Si bien existen restos arqueológicos que demuestran que la ciudad estuvo poblada durante siglos, se desconoce el momento exacto de su fundación.